Transporte próprio - Documentos comprobatório

Prezados, boa tarde!

Estou iniciando uma loja virtual e alem das modalidades tradicionais oferecidas pelos Correios, preciso saber se posso utilizar do meu CNPJ, ou seja, se minha empresa pode realizar a entrega em locais próximos aqui em São Paulo/SP.

Preciso ter registro em algum orgão de transporte e quais documentos validos devo emitir para comprovação da entrega junto ao cliente?

Pergunto pois em alguns casos vou precisar comprovar a entrega ao Pagamento Digital que administra os pagamentos da loja virtual, acredito que esta comprovação deverá ser similar ao dos correios.

PS. Sou Empreendedora Individual

Att

Em relação a pergunta acima, o campo para assinatura de recebimento na DANFE deve ser assinado exclusivamente pela transportadora ou pode ser também pelo cliente final?