Retenção de Tributo sobre nota de Serviço

Olá boa noite, estou realizando o fechamento do 2° trimestre aqui da empresa e deparei com o seguinte problema:
Uma Nota emitida de PJ para Órgão Público de outro municipio no estado do Rio, sendo que de acordo com o pagamento liquido ficou retido cerda de 7,50% de imposto, e desses eu sei que 3% é ISS e 1,5% IR, provavelmente, porém sobra esses 3% que não sei ao certo qual tributo pode ser, pois se for COFINS teria que ter retido PIS, dai o percentual seria maior, ou seja, to perdida.
Alguém me ajudeeee?
Obrigada

qual tipo de serviço você prestou?

Consultoria em engenharia.

Os órgãos da administração federal direta, as autarquias e as fundações federais reterão, na fonte, o Imposto sobre a Renda da Pessoa Jurídica (IRPJ) , bem assim a Contribuição Social sobre o Lucro Líquido (CSLL) , a Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social (Cofins) e a Contribuição para o PIS sobre os pagamentos que efetuarem a pessoas jurídicas, pelo fornecimento de bens ou prestação de serviços em geral, inclusive obras.

Base: art. 64 da Lei 9.430/1996.

ANEXO I DA IN SRF 539/2005 - TABELA DE RETENÇÃO

http://www.receita.fazenda.gov.br/legislacao/ins/2005/in5392005.htm

este é o link onde se encontra a tabela de retenção para orgão públicos

BOM DIA

tenho uma empresa, Limpeza e conservaçao, ela faz limpeza de caixa d'agua, ela esta enquadrada no simples nacional no ANEXO IV, portanto ela terá de reter o INSS e pagar a parte da empresa separado, podendo compensar o INSS retido.

A minha duvida é:

A retençao é sobre o valor total da nf ou ele pode dividir 50% pra material e 50% de mao-de-obra.

Existe algum percentual maximo ou minimo que posso fazer essa retençao na nota fiscal.