Não há substituição tributária em operação destinada à industrialização, por não haver fato gerador subsequente relativo àquela mercadoria.
Você poderá se apropriar do crédito de operação própria.
Quanto ao imposto relativo à substituição tributária, somente o remetente poderá pleitear a restituição do imposto pago indevidamente, desde que o adquirente, contribuinte de fato, o autorize - conforme o Código Tributário Nacional, veja-se:
Art. 166. A restituição de tributos que comportem, por sua natureza, transferência do respectivo encargo financeiro somente será feita a quem prove haver assumido o referido encargo, ou, no caso de tê-lo transferido a terceiro, estar por este expressamente autorizado a recebê-la.
Financeiramente, compete às partes chegarem a um acordo.