Taislane, boa tarde.
Neste caso os procedimentos estão corretos. Ao adquirir mercadoria sujeita ao Regime de Substituição Tributária o contribuinte substituto efetua o recolhimento por toda a cadeia de comercialização. O crédito de ICMS destacado na NF já foi utilizado no cálculo do ICMS ST.
Artigo 278 - O contribuinte substituído, relativamente às operações com mercadoria ou prestações de serviço recebidas com imposto retido, escriturará o livro Registro de Entradas e o Registro de Saídas na forma prevista neste regulamento, com utilização da coluna "Outras", respectivamente, de "Operações ou Prestações sem Crédito do Imposto" e "Operações ou Prestações sem Débito do Imposto" (Lei 6.374/89, art. 67, § 1º, e Ajuste SINIEF-4/93, cláusula sexta, com alteração do Ajuste SINIEF-2/96, cláusula segunda).
Quando há uma operação interestadual, mesmo que esta não ocorra novamente a incidência do ICMS ST o valor que a empresa deixou de creditar será ressarcido com a elaboração do processo descrito na Portaria CAT 17 de 05/03/99, com base também no artigo 269, inciso II.
Artigo 269 - Nas situações adiante indicadas, o estabelecimento do contribuinte substituído que tiver recebido mercadoria ou serviço com retenção do imposto, observada a disciplina estabelecida pela Secretaria da Fazenda, poderá ressarcir-se (Lei 6.374/89, art. 66-B, na redação da Lei 9.176/95, art. 3.º, e Convênio ICMS-81/93, cláusula terceira, § 2º, na redação do Convênio ICMS-56/97, cláusula primeira, I):
II - do valor do imposto retido ou da parcela do imposto retido relativo ao fato gerador presumido não realizado;