Emissão de CT-e em atraso

Uma empresa com Serviço de transporte intermunicipal e interestadual com CNAE 4930202, Lucro Presumido, foi subcontratado por uma outra transportadora. Conforme a legislação do Mato Grosso não seria obrigatório da emissão do conhecimento de transporte, uma vez que a contratante ja emitiu. Como devo fazer para tributar os impostos federais PIS, COFINS, IRPJ e CSLL?

Bom dia... blz?

Tai uma duvida que eu também tenho e vou alem:

Se a empresa contratante recebeu R$ 100,00 pelo serviço e repassou R$ 80,00 para subcontratada, como fica a tributação de ambas no lucro presumido:

1) A empresa contratante paga os impostos federais sobre o valor total R$ 100,00?

2) A empresa contratada paga os impostos federais sobre o valor que recebeu R$ 80,00? E como vai justificar a receita sendo que nao esta obrigada a emitir CTRC quando circula com o CTe da contratante?

Caso ambas paguem os tributos sobre suas receitas, a empresa contratante não estaria sendo tributada sobre R$ 100,00 sendo que somente ganhou R$ 20,00, ou somente no lucro real poderia se creditar do valor da subcontratação.

Abraco.

Gostaria de saber se uma empresa de transporte obrigada a emitir o CT-e a partir de 1º agosto/2013 não conseguir emitir o certificado digital de CT-e a tempo para emissão dos CT-es qual a penalidade após a data?