Cristiano, este assunto é bem complexo pois no geral os estados não autorizam o "ajuste de inventário".
Diferenças Positivas - (mais físico do que NFs) - O correto é fazer a retificação da DI ou pedir o complemento para o fornecedor nacional. Como são casos quase impossíveis o que as empresas usualmente fazem é emitir a NF de entrada e não recuperar imposto; (CFOP 1949)
Diferenças Negativas - (menos físico do que NFs)- Deverá ser feito o estorno do crédito utilizado na compra da mercadoria. É emitida a NF de saída CFOP 5949
Existe ainda o CFOP 5927 que trata deste tema mas você tem que pesquisar antes se foi regulamentado pelo estado do RJ pois nem todos os estados fizeram.
Espero ter ajudado,
Abraços,
Valdelice