Retenção de tributos por Autarquia Estadual

Boa tarde, pessoal!

Sou servidor público de uma autarquia estadual e minha dúvida é a seguinte:
Uma empresa nos prestou um serviço de construção civil (construção de imóvel). A nota fiscal foi emitida com o destaque de retenção de ISS menor que deveria, pois ela não discriminou os valores dos materiais utilizados. O destaque foi calculado, abatendo-se 50% do valor da nota fiscal a título de valor dos materiais fornecidos, no entanto o prestador não fez nenhuma discriminação na nota fiscal, nem os comprovava de nenhuma maneira. Assim sendo a retenção foi feita sobre o valor total da nota fiscal. Nesse caso o erro no valor destacado invalida a nota fiscal? Deve-se proceder como foi realizado(cálculo da retenção sobre o valor total da nota fiscal, a despeito do destaque feito pelo prestador do serviço)?

Caro Gustavo, estou respondendo sua duvida depois de muito tempo, mas pode ajudar outras pessoas.
Primeiramente devemos lembrar que o ISS é tributo municipal, com isso devemos primeiro verificar se existe legislação municipal, por exemplo, no município de São Carlos/SP quando um contribuinte não consegue comprovar a aquisição do material, existe uma lei que permite a separação de 40% para material e 60% para serviço.
Mas independente do quanto for abatido de material fornecido, esse material deve ser emitido em nota fiscal de venda para ficar sujeito ao ICMS. Não simplesmente reduzir as base de calculo na nota de serviço, pois assim esse material ficaria "isento".