Nota Incorreta X Tributos

Uma nota fiscal eletrônica foi emitida incorretamente: informado o CNPJ do tomador igual ao do prestador e não é possível cancelamento, pois o mês foi fechado. Certamente terá que se emitir outra nota com o CNPJ correto do tomador ( o tomador ainda não efetuou o pagamento). Existe alguma forma de informar os órgãos federais e município para que os tributos não sejam pagos duas vezes, ou alguma forma de compensação?
Fico agradecida se alguém puder me ajudar.

Olá Juliana!

Acredito que não seja NFe(Federal), não seria validada pelo CNPJ ser do emitente; mas esta, tem cinco dias para ser cancelada; se passou do prazo emita a de entrada da mesma, anotando em observações as informações da NFe de Saida, inclusive o código de chave.

Se for de serviço; pela prefeitura da Capital, pode cancelar antes do pagamento do Imposto(ISS); no site em consulta da Nota há a opção de cancelar.