Caro James,
Oriento você a se aproximar de alguem que entenda do depto fiscal ou de alguem que entenda de contabilidade, pois pelas perguntas que você fez, percebe-se que falta conhecimento sobre como funciona uma industria, porém antecipo aqui se voce me permitir o porque voce tem tais duvidas.
1) Um ECF só pode emitir nota fiscal de produto acabado, não outro tipo de protudo para poder constar em um ECF, e cfop devera guardar relacao com vendas de produtos recebidods de terceiros ou se a empresa que estivermos falando for a proprio que produz, entao cfop de venda de produtos de fabricacao propria, desde que em seu objeto social conste industria e comercio.
2) Uma empresa ao adquirir mercadorias nao podera recebe-las com o cfop que voce descreveu, se na saida vende ou revende o produto, pois o seu estoque fica negativo porque voce nao faz a contabilizacao do processo industrial na sua contabilidade, senao vejamos:
Uma industria tem no seu grupo de estoque no minimo as seguintes contas:
a) Materia-prima
b) Materiais Auxiliares
c) Embalagem
d) Produtos em Elaboracao
e) Produtos Acabados
E ainda ao final do mes devera ser rateado os custos industriais diretos e indiretos que sao lancados no resultado, a exemplo de:
a) Mao de Obra e Encargos Sociais
b) Deprec Maquinas e Equipamentos
c) Manute Maquinas e Equipamentos
d) Energia
e) Outros que seja necessarios na producao do produto objeto da venda
Uma vez iniciado o processo industrial, ao adquirir materia prima debita-se a conta de estoque materia prima, da mesma forma para materiais auxialiares, bem como para embalagem, toda a quantidade necessaria para forma um numero x de produtos acabados, sera entao creditada nestas contas e debita na conta produtos em elaboracao, que combinado com os itens dos custos diretos e indiretos lancados no resultado, permitira concluir um produto acabado, entao ao termino debita-se produto acabado e credita-se a conta produto em elaboracao, e por fim quando da sua venda no ECF, debita-se custo da mercadoria vendida, credita-se produto acabado e debita-se clientes e credita-se vendas.
Esta ainda é uma explicacao simploria, mas se pairar duvidas ainda, volte a escrever, ainda oriento voce a ler o livro de Eliseu Martins, Contabilidade de Custos, se quiser posso te enviar em pdf.
segue link do livro http://professorc24.dominiotemporario.com/doc/CONTABILIDADE_DE_CUSTOS.pdf
Boa Sorte!