Boa tarde!
No âmbito fiscal, você deverá proceder com o estorno dos impostos creditados na entrada da mercadoria ou dos insumos, se o estoque for de produção própria.
Conforme RICMS/SP:
Artigo 67 - Salvo disposição em contrário, o contribuinte deverá proceder ao estorno do imposto de que se tiver creditado, sempre que o serviço tomado ou a mercadoria entrada no estabelecimento:
I - vier a perecer, deteriorar-se ou for objeto de roubo, furto ou extravio;
Conforme RIPI/2010:
Art. 254. Será anulado, mediante estorno na escrita fiscal, o crédito do imposto:
IV - relativo a matéria-prima, produto intermediário, material de embalagem, e quaisquer outros produtos que hajam sido furtados ou roubados, inutilizados ou deteriorados ou, ainda, empregados em outros produtos que tenham tido a mesma sorte;
PIS e COFINS (Lei 10.833/03 e Lei 10.637/02):
Art. 3
§ 13. Deverá ser estornado o crédito da COFINS relativo a bens adquiridos para revenda ou utilizados como insumos na prestação de serviços e na produção ou fabricação de bens ou produtos destinados à venda, que tenham sido furtados ou roubados, inutilizados ou deteriorados, destruídos em sinistro ou, ainda, empregados em outros produtos que tenham tido a mesma destinação. (Incluído pela Lei nº 10.865, de 2004)
Quando for faturar o estoque inservivel poderá considerá-lo como "resíduo ou sucata" e tentar enquadrá-la nos benefícios fiscais:
ICMS: diferimento conforme artigo 392 do RICMS/SP
IPI: alíquota zero conforme TIPI vigente
PIS e COFINS: suspensão conforme Lei 11.196/05, artigo 48.
Quanto ao âmbito contabil poste no canal apropriado, por favor.