Fernanda, não é possível restituir multa por ser uma penalidade, você pode até tenta a Impugnação Link Aqui da multa, mas tem que esta bem argumentado.
Fernando, o IR não é bem o meu forte, mas pelo o que conheço se foi feito a retificação não há necessidade de fazer o PerdComp, a restituição é automático, porém entrar no final da fila de restituição.
Agora se a tua intenção for, aproveitar o valor a restituir referente a 2012 para compensar imposto a pagar deste ano ou de anos anteriores, ai sim seria necessário emitir um PerdComp informando a compensação do imposto.
Nesta restituição foi tomando os devidos cuidados para evitar a malha fina? , se sim é só faze o PerdComp e compensar.