Boa tarde Alex,
7.5. De que forma será efetuado o recolhimento do Simples Nacional pelas microempresas (ME) e empresas de pequeno porte (EPP) com filiais?
Na hipótese de a ME ou a EPP possuir filiais, o recolhimento dos tributos do Simples Nacional dar-se-á por intermédio da matriz em um único documento de arrecadação.
Contudo, o contribuinte deverá informar as receitas por estabelecimento no aplicativo de cálculo.
Fonte : Perguntas e Respostas - Simples Nacional
Assim sendo, no seu caso, deve refazer os cálculos com as informações da receita da filial, e neste caso, se já pagou o DAS desta competência, sera gerado um DAS Complementar, caso contrário, sera gerado um DAS com o valor a pagar unificado.