Boa tarde, Jeremias Augusto Vieira.
A fundamentação para a Prefeitura cobrar taxas e tributos você vai encontrar no CTN (Código Tributário Nacional) no art. 18, e na Constituição Federal, art 145, §1º e 2º, e artigos 153, 155, 156 também da Constituição federal.
No portal do MEI, instrui que após o prazo de 180 dias, não havendo manifestação da Prefeitura Municipal quanto à correção do endereço onde está estabelecido o MEI e quanto à possibilidade de exercer a atividade empresarial no local desejado, o Termo de Ciência e Responsabilidade com Efeito de Alvará de Licença e Funcionamento Provisório se converterá automaticamente em Alvará de Funcionamento.
Agora, a legislação do MEI diz que somente pagará somente o tributo mensal (R$ 36,20). Porém em minha análise a legislação está omissa em relação a cobrança do Alvará de Funcionamento; ela apenas define que nos primeiros 180 dias terá o Alvará Provisório, convertendo-se em definitivo após este prazo. Como há a necessidade de renovação anual as Prefeituras Municipais "podem" cobrar sua renovação anual.
A minha fundamentação legal está baseada no CTN, CF e no Portal do Empreendedor.
Portal do Empreendedor:
www.portaldoempreendedor.gov.br
Concluindo, necessário se faz consultar a PM do seu município (área tributária). É também interessante verificar o Código Tributário do Município visando saber o tratamento dado às MEIs.
Como entendimento geral, é passível de recolhimento a taxa para obter o Alvará de Funcionamento definitivo - renovado anualmente. Depende do Código Tributário de cada município!!!
Abraços.