Boa tarde Karen,
Se o Débito foi pago com mais de um DARF, deve relacionar na DCTF, um a um, todos os DARF´s que liquidam o débito.
posso sofrer alguma multa por isso?
Não se trata de sofrer multa e sim o fato da Receita Federal não localizar o DARF informado por Você.
Exemplo:
Suponha que tenha um débito de IRRF no valor de R$ 300,00, o qual foi pago com 3 DARF´s de R$ 100,00.
Caso informar em "Pagamentos Com DARF" o valor de R$ 300,00, a Receita Federal não ira localizar este pagamento em sua base de dados e assim sendo, para Receita Federal, o débito estará em aberto.