Boa noite Cláudia,
Primeiramente, seja bem vinda ao Fórum.
Seu procedimento de reter sobre a somatória das duas Notas Fiscais esta correto, tendo em vista que o fato gerador da retenção é o "PAGAMENTO", conforme dispõe os Parágrafos 3º ao 5º da IN SRF nº 459/2004, transcrito a seguir:
§ 3º É dispensada a retenção para pagamento de valor igual ou inferior a R$ 5.000,00 (cinco mil reais).
§ 4º Ocorrendo mais de um pagamento no mesmo mês à mesma pessoa jurídica, a cada pagamento deverá ser:
I - efetuada a soma de todos os valores pagos no mês;
II - calculado o valor a ser retido sobre o montante obtido na forma do inciso I deste parágrafo, desde que este ultrapasse o limite de que trata o § 3º, devendo ser deduzidos os valores retidos anteriormente no mesmo mês;
§ 5º Na hipótese do § 4º, caso a retenção a ser efetuada seja superior ao valor a ser pago, a retenção será efetuada até o limite deste.