Michele, bom dia!
Para maiores esclarecimentos sobre base de cálculo da retenção dos 11% do INSS, você deverá se atentar ao art. 122 da IN 971/2009, conforme segue:
Art. 122. Os valores de materiais ou de equipamentos, próprios ou de terceiros, exceto os equipamentos manuais, cujo fornecimento esteja previsto em contrato, sem a respectiva discriminação de valores, desde que discriminados na nota fiscal, na fatura ou no recibo de prestação de serviços, não integram a base de cálculo da retenção, devendo o valor desta corresponder no mínimo a:
I - 50% (cinquenta por cento) do valor bruto da nota fiscal, da fatura ou do recibo de prestação de serviços;
II - 30% (trinta por cento) do valor bruto da nota fiscal, da fatura ou do recibo de prestação de serviços para os serviços de transporte de passageiros, cujas despesas de combustível e de manutenção dos veículos corram por conta da contratada;
III - 65% (sessenta e cinco por cento) quando se referir a limpeza hospitalar, e 80% (oitenta por cento) quando se referir aos demais tipos de limpeza, do valor bruto da nota fiscal, da fatura ou do recibo de prestação de serviços.
§ 1º Se a utilização de equipamento for inerente à execução dos serviços contratados, desde que haja a discriminação de valores na nota fiscal, na fatura ou no recibo de prestação de serviços, adota-se o seguinte procedimento:
I – havendo o fornecimento de equipamento e os respectivos valores constarem em contrato, aplica-se o disposto no art. 121; ou
II – não havendo discriminação de valores em contrato, independentemente da previsão contratual do fornecimento de equipamento, a base de cálculo da retenção corresponderá, no mínimo, para a prestação de serviços em geral, a 50% (cinquenta por cento) do valor bruto da nota fiscal, da fatura ou do recibo de prestação de serviços e, no caso da prestação de serviços na área da construção civil, aos percentuais abaixo relacionados:
a) 10% (dez por cento) para pavimentação asfáltica;
b) 15% (quinze por cento) para terraplenagem, aterro sanitário e dragagem;
c) 45% (quarenta e cinco por cento) para obras de arte (pontes ou viadutos);
d) 50% (cinquenta por cento) para drenagem; e
e) 35% (trinta e cinco por cento) para os demais serviços realizados com a utilização de equipamentos, exceto os manuais.
§ 2º Quando na mesma nota fiscal, fatura ou recibo de prestação de serviços constar a execução de mais de um dos serviços referidos nos incisos I e II do § 1º, cujos valores não constem individualmente discriminados na nota fiscal, na fatura, ou no recibo, deverá ser aplicado o percentual correspondente a cada tipo de serviço, conforme disposto em contrato, ou o percentual maior, se o contrato não permitir identificar o valor de cada serviço.
§ 3º Aplica-se aos procedimentos estabelecidos neste artigo o disposto nos §§ 1º e 2º do art. 121.
Com base nestas informações você deve atentar-se sempre a previsão contratual, pois em uma eventual fiscalização do INSS serão considerados tanto o contrato quanto as notas fiscais. As notas fiscais de serviços de construção civil deverão constar fidedignamente os percentuais de material citados no contrato e batidos com as notas fiscais de venda / remessa para o canteiro de obras.
Quanto a alíquota de 3,5% esta deve ser por parte do prestador, nos recolhimentos que competem a construtora não ao tomador que é o seu caso.
Espero ter lhe ajudado.