Boa tarde Heloisa,
Se estivermos falando de receitas decorrentes da execução por administração, empreitada ou subempreitada, de obras de construção civil, mesmo estando no regime de tributação pelo Lucro Real, o PIS/COFINS são calculados pelo regime CUMULATIVO.
Base legal: Inciso XX do Artigo 10 da Lei 10.833/2003, transcrito a seguir:
Art. 10 . Permanecem sujeitas às normas da legislação da COFINS, vigentes anteriormente a esta Lei, não se lhes aplicando as disposições dos arts. 1º a 8º: ( Vide Medida Provisória nº 252, de 15/06/2005 ).
XX - as receitas decorrentes da execução por administração, empreitada ou subempreitada, de obras de construção civil, até 31 de dezembro de 2015; (Redação dada pela Lei nº 12.375, de 30 de dezembro de 2010)
Sobre desconto de créditos de PIS/COFINS, pode obter informações no link abaixo:
Regime de Incidência Não-cumulativo