Boa noite, Edi Carlos Ferreira Barbosa.
Sim, a DIRF deve ser obrigatoriamente apresentada pelo estabelecimento MATRIZ.
Desta feita, solicite novo Comprovante de Rendimentos à sua empresa, pois o programa gerador da DIRF emite sistematicamente o comprovante com o CNPJ da matriz.
Em informando o rendimento recebido com o CNPJ Filial, a RFB não vai reconhecer o documento. Se não tiver retenção de IRRF, não vejo maiores problemas mas se houver retenção de IRRF a RFB vai notificar a você contribuinte e a empresa responsável pois o sistema não reconhecerá este crédito.
IN-RFB nº 1.406/2013, art. 7º:
"Art. 7º O arquivo transmitido pelo estabelecimento matriz deverá conter as informações consolidadas de todos os estabelecimentos da pessoa jurídica."
Portanto, a Matriz deverá consolidar todos os rendimentos pagos/creditados consolidados no CNPJ Matriz.
Abraços.