Declaração de Imposto de Renda - Ganho de Capital

Na declaração tive um determinado ganho de capital (em venda de imóvel) que foi gerado um saldo a Pagar de R$ 45.000,00, no entanto na declaração dos meus rendimentos obtive uma restituição de R$ 2.500,00. Porém no sistema não foi realizado a dedução. Como funciona?
1) Preciso gerar um DARF para pagar o Ganho de Capital (R$ 45.000,00), mas na declaração quando clico no gerar DARF não aparece nada.
2) Uma vez efetuando o pagamento do DARF de ganho de capital, depois vou obter a restituição separadamente?
3) Preciso gerar DARF ou é automático pelo sistema?

Aguardo a ajuda dos Senhores.

Robson
Boa tarde

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Att..