Eu aconselho a utilizar o programa Domínio Sistemas. Eu o utilizo no escritório e ele abrange a área Contábil, Fiscal, Pessoal e Administrativa. É um programa pago, porém em minha opinião, eficiente.
No Caso da sua empresa, como ela está enquadrada no Regime Simples nacional, estará obrigada a recolher seus impostos pelo Documento de Arrecadação do Simples (DAS). O valor do imposto dependerá do seu faturamento.
Segue manual : www8.receita.fazenda.gov.br
Entre as obrigações acessórias, você deverá transmitir o SINTEGRA, que no caso será gerado pelo programa que optar. O SINTEGRA abrange a movimentação de compra e venda de produtos e até 2016 é obrigatória para optantes pelo Simples nacional
Para efetuar a validação e a transmissão deve baixar programas do site: http://www.sintegra.gov.br/download.html
Lembrando que o Java deve estar atualizado.
No caso da sua empresa obter maquininha de cartão, devera emitir o ECF pelo Estado que está localizada e de acordo com a legislação Estadual Vigente.
Segue breve explicação:
http://www.portaltributario.com.br/guia/simplesobrigacoes.htm
Espero ter ajudado