Boa Tarde Danielle,
A cobrança do IR está certa, pois o fato gerado do imposto é a emissão da NF, já a retenção dos 4,65% (PIS, COFINS e CSLL) , o fato gerado é pagamento da nota fiscal, se você pagar o montante superior a R$ 5.000,00 para um prestador de serviço no mês, deve reter os 4,65%, como o valor é pago parcelado, deverá reter apenas o IR, ou se tiver outros pagamentos para o mesmo prestador no mês, atingindo o valor minimo para retenção ai sim, deve reter.
ALei nº 10.833, de 29 de dezembro de 2003
rt. 31 . O valor da CSLL, da COFINS e da contribuição para o PIS/PASEP, de que trata o art. 30, será determinado mediante a aplicação, sobre o montante a ser pago, do percentual de 4,65% (quatro inteiros e sessenta e cinco centésimos por cento), correspondente à soma das alíquotas de 1% (um por cento), 3% (três por cento) e 0,65% (sessenta e cinco centésimos por cento), respectivamente.
§ 1º As alíquotas de 0,65% (sessenta e cinco centésimos por cento) e 3% (três por cento) aplicam-se inclusive na hipótese de a prestadora do serviço enquadrar-se no regime de não-cumulatividade na cobrança da contribuição para o PIS/PASEP e da COFINS.
§ 2º No caso de pessoa jurídica beneficiária de isenção, na forma da legislação específica, de uma ou mais das contribuições de que trata este artigo, a retenção dar-se-á mediante a aplicação da alíquota específica correspondente às contribuições não alcançadas pela isenção.
§ 3º É dispensada a retenção para pagamentos de valor igual ou inferior a R$ 5.000,00 (cinco mil reais). (Incluído pela Lei nº 10.925, de 2004)
§ 4º Ocorrendo mais de um pagamento no mesmo mês à mesma pessoa jurídica, deverá ser efetuada a soma de todos os valores pagos no mês para efeito de cálculo do limite de retenção previsto no § 3º deste artigo, compensando-se o valor retido anteriormente. (Incluído pela Lei nº 10.925, de 2004)
