Boa noite, Raimunda!
Primeiramente você deverá apurar o controle de crédito de ICMS, PIS e COFINS, pois quando a empresa passa a não ser optante pelo Simples a apuração será feita por débito e crédito de impostos, portanto deverá ser levantado o total de crédito que você tem em estoque e verificar a tributação dos impostos de cada produto, caso não esteja cadastrado a tributação corretamente. Assim que cadastrado toda tributação dos impostos (ICMS, PIS, COFINS) nos seus produtos e o seu sistema levantar o total de crédito, quando for emitir as nota fiscais de saída ele buscará as tributação ao qual você configurou em cada produto e levantará o total de débito a pagar no mês. Fazendo isto você faz o confronto entre débito e crédito caso o débito for maior que seu crédito, deverá ser paga a diferença, isto serve tanto para ICMS quanto para PIS e COFINS!
Duvidas a disposição!
Ricardo Ribeiro