Bom dia Ivonete!
Empresas Inadimplentes com Simples Nacional podem sim ser excluídas, mas isso não ocorre de um dia para o outro, primeiro você receberá uma notificação, terá prazo de 30 dias para impugnação e caso seja indeferida será desenquadrada.
Como o período que você citou é pequeno, não superior a 1 ano você não corre esse risco iminente caso já esteja providenciando a regularização das pendências.
Com relação ao parcelamento de débitos, caso sua empresa seja prestadora de serviços, em muitos casos deverão ser solicitados dois parcelamentos distintos: um na RFB e outro na Prefeitura que pode já ter "desmembrado" o ISS.
Outra questão é o valor das parcelas, sendo o valor mínimo estipulado de R$ 300,00, o que muitas vezes não convém para empresa, pois você pagará juros sobre juros, e a RFB poderá a qualquer momento estipular outro valor para recolhimento.
Consulte seu contador e veja se vale a pena proceder com o parcelamento, pois cada caso é um caso, e o auxilio de um profissional qualificado nessas horas faz toda a diferença!
Dúvidas, acesse o link: www.receita.fazenda.gov.br
Boa Sorte!