retenção dos impostos federais na nota fiscal de serviço

boa tarde!
temos uma empresa (prestadora) que deveria ter destacado os impostos federais nas notas fiscais de serviço, mas não destacou, porém já passou o prazo de cancelar essas notas, pois as notas são de anos anteriores a 2014, o que devemos fazer agora? pois o cliente (tomador do serviço) pagou o valor total da nota sem a retenção dos impostos.
e no momento de gerar os darf devemos colocar o cnpj do cliente(tomador do serviço) ou da nossa empresa (prestador)?
já dei uma lida na legislação sobre retenções dos impostos federais, mais não consegui encontrar nada que fale sobre esse assunto este caso.
desde de já agradeço por me ajudarem.

O CNPJ é do tomador do serviço, faz as guias, paga os tributos, e envia para o tomador ficar ciente que ocorreu este procedimento, para no momento que ele for declarar a DCTF e DIRF, informar estas retenções.