Regiane,
Pode acontecer que, empresas que revendem mercadorias com substituição tributária, o Lucro Real se torne mais viável do que o Simples Nacional, porém deve ser feito um planejamento tributário eficiente;
Veja que, o PIS e COFINS no Lucro Real é alíquota de 1,65% e 7,6 % respectivamente. Porém como mencionado, você tem créditos sobre as entradas e débito sobre as saídas.
No Simples o PIS e COFINS é de no máximo 0,38% e 1,6% respectivamente com vendas com substituição tributária, porém é pago sobre as saídas sem créditos nas entradas.
Empresas do Lucro Real devem ter escrituração contábil mais apuradas, portanto imagine o caixa da empresa, não pode ficar negativo, para isso se deve ter mais saídas do que entradas, a fim de ter caixa para pagar suas despesas e ainda sobrar um saldo de caixa.
Veja que, normalmente terá mais saídas do que entradas, a tributação pode ficar pesada em relação a PIS e COFINS (apenas ICMS que não pagaria na saída se for mercadorias com substituição tributária).
Veja que o IRPJ e CSLL será pelo lucro do período, portanto varia de acordo com o volume de despesas e receitas.
Sobre a folha de pagamento, o Lucro Real é bem mais oneroso do que o Simples Nacional, isto faz diferença grande principalmente se a empresa tiver uma folha de pagamento alta.
Por isso, o planejamento tributário é tão importante no momento de mudar a tributação.