Angelina de Omena, bom dia!
Olha, as Empresas do Simples Nacional, no momento, não precisam se atentar em relação às tributações de Entrada, pois não vão se creditar de nada. Neste caso, você deverá apenas se precaver nas saídas, tributando de maneira correta, principalmente os itens em ST, pois é possível abater no imposto depois (essa informação você deve verificar junto a assessoria contábil/fiscal da sua Empresa). Ainda em relação as saídas, mesmo tributando normalmente, se vocês forem vender no cupom fiscal, por exemplo, a aliquota do imposto a ser considerada não será aquela registrada pelo ECF, e sim aquela que você está obrigada no Simples Nacional.
Já as Empresas de Lucro Presumido, quando o produto é tributado pelo ICMS normal, é possível se creditar do imposto. Outros Impostos como PIS e COFINS, por exemplo, não são possíveis de aproveitamento.
Deixa eu te perguntar: são muitos itens a serem configurados? Você não trabalha com nenhuma assessoria do tipo IOB, Cenofisco, Econet, as quais podem te auxiliar neste trabalho?
Se forem poucos itens, poste aqui uma planilha no botão "Enviar Arquivo", com a relação deles, com o NCM e o código de barras, que eu vejo o que posso fazer para você.
Um abraço.