Boa tarde Sergio,
Não há embasamento legal para que se tenha o cuidado de demonstrar que o PIS e a COFINS foram pagos indevidamente, o que existe é simples lógica.
Você demonstra (e prova) que pagou a mais ou indevidamente e solicita a restituição ou compensação com base em fatos demonstrados.
O cuidado, neste caso não é indispensável e deve ser estendido inclusive à DCTF que deve ser retificada com vistas a excluir dos débitos informados, aqueles decorrentes da receita financeira.
Nota
Acerca do assunto tenha em conta que a partir da versão 4.3 do programa Per/DComp a Receita Federal mudou as regras para compensação ou restituição do PIS e da COFINS aumentando considerávelmente as "exigências" para lhe dar o direito do crédito.
É o que se lê no Artigo 1º da IN RFB 981/2009 que dá nova redação ao Artigo 65º da IN SRF 900/2008 cujo dispositivo abaixo transcrevo:
§ 1º Na hipótese de créditos da Contribuição para o PIS/Pasep e da Cofins de que tratam os arts. 27 a 29 e 42, o pedido de ressarcimento e a declaração de compensação somente serão recepcionados pela Secretaria da Receita Federal do Brasil (RFB) após prévia apresentação de arquivo digital de todos os estabelecimentos da pessoa jurídica, com os documentos fiscais de entradas e saídas relativos ao período de apuração do crédito, conforme previsto na Instrução Normativa SRF nº 86, de 22 de outubro de 2001, e especificado nos itens "4.3 Documentos Fiscais" e "4.10 Arquivos complementares - PIS/COFINS", do Anexo Único do ADE COFIS 15 de 23 de outubro de 2001.
§ 2º O arquivo digital de que trata o § 1º deverá ser transmitido por estabelecimento, mediante o Sistema Validador e Autenticador de Arquivos Digitais (SVA), disponível para download no sítio da RFB na Internet, no endereço <http://www.receita.fazenda.gov.br>, e com utilização de certificado digital válido.
§ 3º Na apreciação de pedidos de ressarcimento e de declarações de compensação de créditos de PIS/Pasep e da Cofins apresentados até 31 de janeiro de 2010, a autoridade da RFB de que trata o caput poderá condicionar o reconhecimento do direito creditório à apresentação do arquivo digital de que trata o § 1º, transmitido na forma do § 2º.
§ 4º Será indeferido o pedido de ressarcimento ou não homologada a compensação, quando o sujeito passivo não observar o disposto nos §§ 1º e 3º.
§ 5º Fica dispensado da apresentação do arquivo digital de que trata o § 1º, o estabelecimento da pessoa jurídica que, no período de apuração do crédito, esteja obrigado à Escrituração Fiscal Digital (EFD)." (NR)
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