O Artigo 3º e seguintes da Resolução CGSN 39/2008 normatizam a restituição dos impostos e contribuições que compõem o Simples Nacional cuja a administração não esteja a cargo da Receita Federal, nestes termos:
Artigo 3º A ME ou EPP optante pelo Simples Nacional somente poderá solicitar a restituição de tributos abrangidos pelo Simples Nacional diretamente ao respectivo ente federativo, observada sua competência tributária.
Já o § 12º, Artigo 3º da IN RFB 900/2008 permite a restituição dos impostos e contribuições que compõem o Simples Nacional, administrados pela Receita Federal, desde que requerida mediante o formulário Pedido de Restituição, constante do Anexo I daquele dispositivo.
§ 12. O pedido de restituição de tributos administrados pela RFB, abrangidos pelo Regime Especial Unificado de Arrecadação de Tributos e Contribuições devidos pelas Microempresas e Empresas de Pequeno Porte (Simples Nacional) , instituído pela Lei Complementar nº 123, de 14 de dezembro de 2006, deverá ser formalizado por meio do formulário Pedido de Restituição, constante do Anexo I.
Conclusão
Não haverá compensação entre créditos relativos a tributos abrangidos pelo Simples Nacional, enquanto não houver regulamentação específica por parte do Comitê Gestor do Simples Nacional - CGSN.