Saulo Heusi,
Antes de mais nada, muito obrigado em despender tempo me respondendo.
Talvez me falte argumentos com embasamentos legais, mas, na prática sempre adotei a postura que citei acima, quanto ao correto recolhimento, seja dos valores retidos e/ou apurados. Desculpe-me qualquer equívoco.
Quis fomentar a discussão pois, onde trabalho gerou-se um impasse quanto a essa questão; recebemos diversas NFS's-e que, entre o tempo de conferência e envio ao financeiro para pagamento, apresentam divergências como a relatada, e o tempo (dos processos internos) torna inviável a substituição da NFS-e junto ao prestador, o que, volto a defender é desnecessário.
Porém ocorre situações em ambos os sentidos, por assim dizer. NFS's-e com valor bruto já sujeitas à retenção, uma vez que ultrapassa o valor mínimo de R$ 5.000,00, como também casos como o citado por você, onde há soma de várias pagamentos de NFS's-e no mesmo mês e para o mesmo prestador; onde neste caso a substituição da NFS-e nem é cogitada, sendo que a retenção se dá pela última, após a soma desses pagamentos.
Enfim, gostaria apenas de obter sua opinião, uma vez que seu conhecimento é bastante vasto, conforme acompanho as postagens no fórum.
Novamente obrigado, e um bom resto de semana para você.