Recolhimento IR, CSLL, PIS/COFINS e ISS para faturamento bru

Colegas, bom Dia.
Ajudo informalmente uma empresa optante do lucro presumido. Em setembro/14, este cliente fez uma emissão única no trimestre de uma nota fiscal de valor inferior a R$5.000,00.
No momento do recebimento não foi feita a retenção em fonte de IR, CSLL, Pis/Cofins e ISS.
Ele gostaria de recolher agora tudo devido em impostos.
O que realmente ele deve de impostos? As alíquotas permanecem a mesma para valor inferior a R$5.000,00?
Existe algum procedimento que poderia ser seguido?
Desde já agradeço a atenção.
Luiz Castro

Boa tarde
Como mencionado, valor inferior a R$ 5.000,00 não ha retenção de impostos, Pis, Cofins, Csll
Devera ser recolhido normalmente sobre as alíquotas de Pis 0,65%, Cofins 3%
IRPJ , CSLL Segue o link para mais esclarecimento http://www.portaltributario.com.br/guia/lucro_presumido_csl.html