Prezado Cristiano Jardim.
Boa noite.
Sobre sua duvida a resposta é não, mas você pode encontrar que diga o contrario.
A Lei nº 10.833/03 em seu art. 3º, IX, diz que:
Art. 3º Do valor apurado na forma do art. 2º a pessoa jurídica poderá descontar créditos calculados em relação a:
IX - armazenagem de mercadoria e frete na operação de venda, nos casos dos incisos I e II, quando o ônus for suportado pelo vendedor.
Com esta informação, o STJ faz a seguinte segregação. O frente quando a empresa compra do fornecedor o produto e o frete quando a empresa transfere para suas filias.
Desta maneira o STJ diz que o credito é somente admitido no critério da operação de venda e não para as transferências. Sendo assim, fica inviável você se creditar do PIS e da COFINS no frete de transferência de mercadorias para as filias da empresa que você representa.
Espero que ajude.
Fonte: http://www.receita.fazenda.gov.br/legislacao/leis/2003/lei10833.htm