Boa tarde Alexandra.
Caso a empresa auferiu no ano-calendário anterior receita bruta acima de R$ 360.000,00, deve-se entrar com alteração de contrato, passando o porte da empresa de ME para "normal", pois a mesma extrapolou até mesmo o limite para EPP. Porém nada impede de a empresa continuar no regime de Lucro Presumido.
Sobre enquadramento de ME e EPP, veja o que diz a LC 123/2006:
Art. 3º Para os efeitos desta Lei Complementar, consideram-se microempresas ou empresas de pequeno porte, a sociedade empresária, a sociedade simples, a empresa individual de responsabilidade limitada e o empresário a que se refere o art. 966 da Lei no 10.406, de 10 de janeiro de 2002 (Código Civil), devidamente registrados no Registro de Empresas Mercantis ou no Registro Civil de Pessoas Jurídicas, conforme o caso, desde que:
I - no caso da microempresa, aufira, em cada ano-calendário, receita bruta igual ou inferior a R$ 360.000,00 (trezentos e sessenta mil reais); e
II - no caso da empresa de pequeno porte, aufira, em cada ano-calendário, receita bruta superior a R$ 360.000,00 (trezentos e sessenta mil reais) e igual ou inferior a R$ 3.600.000,00 (três milhões e seiscentos mil reais).
Att.