Boa tarde Adair.
Ambas atividades são tributadas pelo anexo III, mas no primeiro caso citado por você (que é o correto) exclui-se o ISS da tabela III e adiciona-se o ICMS da tabela I. O PGDAS-D já faz automaticamente esta mudança ao marcar a opção "Transporte intermunicipal e interestadual de carga sem substituição tributária de ICMS", caso NÃO haja ST de ICMS na operação.
Veja na Resolução CGSN 94/2011, art 25:
Art. 25. A ME ou EPP optante pelo Simples Nacional deverá considerar a receita destacadamente, por mês e por estabelecimento, para fins de pagamento, conforme o caso, aplicando a alíquota prevista na:
[...]
III - tabela do Anexo III, sobre a receita decorrente: (Lei Complementar nº 123, de 2006, art. 2º, inciso I e § 6º; art. 18, §§ 3º, 4º, incisos III e VII, 5º-A, 5º-B, 5º-E, 5º-F e 22-A) (Redação dada pela Resolução CGSN/SE nº 115, de 4 de setembro de 2014)
[...]
f) da prestação de serviços de transportes intermunicipais e interestaduais de cargas e de comunicação sem substituição tributária de ICMS, desconsiderando-se o percentual relativo ao ISS e adicionando-se o percentual relativo ao ICMS previsto na tabela do Anexo I ;
g) da prestação de serviços de transportes intermunicipais e interestaduais de cargas e de comunicação com substituição tributária de ICMS, desconsiderando-se o percentual relativo ao ISS;
Att.
