Cláudia,
Atualmente tenho uma empresa nesta situação. Esta minha empresa está enquadrada no Lucro Presumido e nós entregamos os seguintes informativos de forma mensal:
DCTF;
EFD Contribuições (SPED PIS/COFINS);
Esta empresa faz a retenção do IRRF de alguns prestadores de serviço, com isso, também entregamos a DIPJ de forma anual.
No caso das notas de entrada eu faço conforme recebo, até porque, esta empresa não compra para revenda e sim para uso e consumo. Mas se ele lhe mandar as notas de forma mensal, acredito que não haja problemas.
Deve apenas se atentar ao seguinte:
Se tua empresa for Lucro Presumido ou Real, e for contribuinte do ICMS, deve-se apurar as notas de entradas e saídas a fim de chegar ao valor correto do ICMS, então, se fizer o lançamento de forma mensal, tenha em mente a data de vencimento do imposto.
A pergunta 'Seus pagamentos', eu não consegui compreender a que se refere.
Caso eu possa lhe ajudar em algo mais (Se é que ajudei rs) só retornar.
Boa sorte!