Joseilma bom dia!
Se a empresa é do lucro presumido e declarou débitos nos meses de 03, 06, 09, fica ela também obrigada a entrega dos meses de 04,07 e 10, pois seria os primeiros meses sem débito após meses com débito.
Pela nova regra, valida desde 2015, deve se entregar a DCTF até o primeiro mês sem débitos a declarar, exemplo.
Se houve débitos em 01,02,03,04,05 e não houve débitos em 06, você irá entregar as DCTF de 01,02,03,04,05 e 06, apartir de 07 não esta obrigado até que exista um outro mês com débito.
Espero ter ajudado.