Ganho de Capital em investimento em parceiras com SCP

Prezados Colegas,

Fazendo um estudo sobre ganho capital, vi que investimento permanente em outras empresa que figura no Ativo Não Circulante, no momento do retorno desse investimento e sofre aumento que lucro auferido nessa operação, ate onde sabia a diferença positiva eu lançava a credito direto em Reserva de Lucros, mais estava vendo lei fiscal configura com alienação e mesmo sobre IR como ganho capital.

Pergunto: como sócio ostensivo faz todo processo de apuração dos imposto IR, CSLL, Pis, Cofins. ..vendo lei exigindo Ganho Capital isso não seria bitributação?

Alguém saberia fazer uma explicação melhor sobre ganho capital da pessoa jurídica.