Empresário Individual com vínculo em outra empresa afastado

Sou empregado em uma empresa onde trabalho 44 horas semanais, mas estou afastado por Auxílio Doença. Mas tenho uma MEI aberta anteriormente ao afastamento onde tenho um vendedor. Posso continuar a tirar Notas Fiscais das Vendas, pois a mesma tem alguns tributos a pagar e também o vendedor vinculada a esta empresa. Obs. Não estou tirando pro labore.