Olá Thielle,
De acordo com "Perguntas Frequentes" no Portal do Microempreendedor Individual, o lucro líquido obtido pelo MEI na operação do seu negócio é isento e não tributável no Imposto de Renda Pessoa Física - IRPF.
No entanto, a parcela da receita bruta que pode ser considerada como lucro líquido, de acordo com o art. 14 da LC 123/2006 fica limitada aos percentuais previstos para o lucro presumido. Exemplos:
8% para comércio, indústria e transporte de carga;
16% para transporte de passageiros;
32% para serviços em geral.
Além disso, o MEI, na qualidade de contribuinte, nos termos da legislação do Imposto de Renda, não está isento de apresentar a declaração anual de ajuste de IRPF.
Sugiro a você, comparecer até a Receita Federal munida de seus documentos e solicitar uma pesquisa no seu CPF.
Att,
Wiliam