Retenções em notas fiscais de prestação de serviço.

bom dia, empresas do ramo de prestação de serviços como rx, ressonancia, ecografias e etc, prestam serviços para nós entidade publica sem fins lucrativos. Gostaria de saber se é devido a retenção de 4,65% de pis/cofins/cssl e 1,5% ir dessas notas fiscais . E também se é devido reter algum imposto sobre notas de associações e cooperativas.
Funcionamos como um convenio, nós recebemos das prefeituras e efetuamos o pagamento as empresas.