Maria Angela,
Eu não sei onde a Receita diz que a base de cálculo é o "valor acordado entre as partes". Base de cálculo é o rendimento pago. Como é que um contribuinte será tributado como tendo recebido R$ 2.500,00, se realmente recebeu R$ 2.000,00?? Abaixo, reproduzo a Instrução Normativa 1500/2014, que trata do tema.
Essa retenção de IRRF é só uma antecipação do imposto devido na declaração anual do locador. Podes até fazer a retenção sobre os R$ 2.500,00, porque o importante é como ele vai declarar os aluguéis no ano que vem. Se fizer por esse valor bruto, pra mim estará "dando dinheiro a mais pro governo", mas será problema dele ...
Seção VI
Do Aluguel de Imóvel Pago por Pessoa Jurídica
Art. 31. No caso de aluguéis de imóveis pagos por pessoa jurídica, não integrarão a base de cálculo para efeito de incidência do imposto sobre a renda:
I - o valor dos impostos, taxas e emolumentos incidentes sobre o bem que produzir o rendimento;
II - o aluguel pago pela locação do imóvel sublocado;
III - as despesas pagas para sua cobrança ou recebimento; e
IV - as despesas de condomínio.
§ 1º Os encargos de que trata o caput somente poderão reduzir o valor do aluguel bruto quando o ônus tenha sido do locador.
§ 2º Quando o aluguel for recebido por meio de imobiliárias, por procurador ou por qualquer outra pessoa designada pelo locador, será considerada como data de recebimento aquela em que o locatário efetuou o pagamento, independentemente de quando tenha havido o repasse para o beneficiário.
Art. 32. Compõem a base de cálculo, para efeito de tributação, os juros de mora, atualização monetária, multas por rescisão de contrato de locação, a indenização por rescisão antecipada ou término do contrato e quaisquer acréscimos ou compensações pelo atraso no pagamento do aluguel, bem como as benfeitorias realizadas no imóvel pelo locatário não reembolsadas pelo locador e as luvas pagas ao locador, ainda que cedido o direito de exploração.
Art. 33. No caso de rendimentos de aluguéis de imóveis recebidos por residentes ou domiciliados no exterior, compete ao seu procurador a retenção do imposto mediante aplicação da alíquota de 15% (quinze por cento), observado o disposto no art. 31.
Art. 34. Os rendimentos de aluguéis de imóveis depositados em juízo são tributados somente quando disponibilizados ao beneficiário ou ao seu representante legal.
Art. 35. É obrigatória a emissão de recibo ou documento equivalente pelo locador ou administrador do bem, quando do recebimento de rendimentos da locação de bens imóveis.