Renilson Rodrigues de Souza,
Bom dia!
Realmente não há no plano de contas referencial, as contas "transitórias".
No plano de contas referencial da RFB, há somente contas patrimoniais (ativo e passivo) e de resultado (Receita e Despesa).
Segundo o Manual do ECF de Maio/2015 (Anexo ao Ato Declaratório Executivo Cofis no 43/2015), temos a informação de que o "Registro J051: Plano de Contas Referencial" é "destinado a informar o plano de contas referencial da instituição gestora, referenciando com as respectivas contas do plano de contas da pessoa jurídica. Somente devem ser referenciadas as contas analíticas com natureza de conta (J050.COD_NAT) igual a “01” (contas de ativo), “02” (contas de passivo), “03” (patrimônio líquido) e “04” (contas de resultado)".
Se a "inconsistência" apresentada no seu arquivo for apenas uma Advertência, não há problemas algum, caso a conta em questão não seja obrigatória a ter o referencial, conforme orientações acima.
Agora, se a "inconsistência" apresentada no seu arquivo for um Erro, deve ser algum problema no PVA da ECF e, aconselho a enviar um e-mail para o suporte da ECF: @Oculto (Eu já entrei em contato com eles em outras oportunidade e foram rápidos na resposta).