Bom dia Agnaldo,
Veja as informações extraídas do "Manual de Negociação - Lei 12996/2014" que transcrevi na resposta dada ao Alex:
Após a confirmação da negociação será efetuado batimento dos pagamentos efetuados para apuração de eventual saldo devedor da antecipação e das parcelas vencidas até o mês anterior à conclusão da negociação
Isto significa que quando você concluiu a negociação, o aplicativo considerou e abateu/diminuiu (sim) os valore da entrada e demais parcelas pagas até o último dia útil do mês anterior ao da negociação. Se você pagou a menor será emitido um DARF com valor da diferença e vencimento para o último dia da consolidação, se a maior, os valores serão compensados/diminuídos das parcelas a vencer, em ordem decrescente, ou seja, da última para penúltima, desta para anterior e assim sucessivamente.
No Aplicativo realmente não "aparece" os valores das parcelas pagas por antecipação, entretanto a Receita Federal disponibilizará na conta do contribuinte (no e-CAC) um extrato do parcelamento onde constarão todas estas informações; débitos incluídos, deduções permitidas e aproveitadas, valores pagos, parcelas a vencer, etc.
Este demonstrativo ficará a disposição do contribuinte enquanto durar o parcelamento, ou seja por mais de quinze anos, permitindo-o acompanhar todos os pagamentos efetuados até o término do parcelamento. Foi assim com o REFIS da CRISE (Novembro/2009) e será assim com todos os outros parcelamentos posteriores.
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