apuração de pis e cofins receita proveniente de serviços com

Boa noite todos (as)

preciso de um apoio dos colegas na seguinte dúvida:

tenho um cliente (tributa pelo lucro presumido) que presta serviços para uma concessionaria habilitada no REIDI, ao emitir a NF ele concede o desconto do valor do serviços de pis e cofins na ordem de 0,65% e 3,0%, respectivamente.

por exemplo;
valor do contrato/serviço = R$1.000,00
emissão da nota fiscal valor = R$996,35 (1000 menos 3,65% pis e cofins, desconto R$36,50 de REIDI)

pergunto ao efetuar a apuração dos tributos fim do mês a receita (R$996,35) não contempla a base de calculo para o Pis e Cofins, uma vez que prestou serviços para empresa que tem o benefício, conforme lei 11.488/07?
porque se eu apurar pis e cofins novamente para esta receita estaria bi-tributando?


agradeço antecipadamente a todos(as)

grato

Hilário