Se estiver tudo regular e só precisa de comprovar este fato, emita a certidão.
A empresa não tendo certificado digital deverá nomear procurador que possua por exemplo um e-CPF e possa acessar o e-CAC pela empresa. Para isso, deve ser feita procuração eletrônica, segue o link: Cadastrar Procuração Eletrônica
Em todo caso, como o colega citou acima, é sempre bom a própria empresa ter o CNPJ, utilizado em diversas plataformas para consultas, entrega de declarações, etc...
Acessando o e-CAC, você consulta a situação fiscal da empresa, pendências, tudo de forma mais fácil e a qualquer momento.
Obs.: Se a empresa for Simples Nacional, pode acessar o e-CAC mediante criação de código de acesso sem certificado digital.
Portal e-CAC
Atenciosamente,
Guilherme Heiderichi Correia - Contador/CRCSP - Especialista em Controladoria e Finanças
Foco em Incorporação, Construção e Serviços
Instagram: @newyorkcontabilidade