Francislene Ferraz,
Em primeiro lugar, considerando que esta empresa é tributada pelo Lucro Presumido, informo que a alíquota da C.S.L.L. não é de 2,88% e sim de 9%.
O que ocorre é que, a partir de 01.09.2003, por força do art. 22 da Lei 10.684/2003, a base de cálculo da C.S.L.L., devida pelas pessoas jurídicas optantes pelo lucro presumido corresponderá a 32% para a atividade de intermediação de negócios, resultando num percentual final de 2,88%.
Exemplo: Receita Financeira R$ 5.000,00 x 32% = R$ 1.600,00 (Base de cálculo).
R$ 1.600,00 x 9% = R$ 144,00 (C.S.L.L. á pagar)
É o mesmo que aplicar a alíquota direta de 2,88% sobre os R$ 5.000,00.
Agora, a C.S.L.L. que vem descontado na NF nada mais é que uma antecipação do imposto, ou seja, você poderá descontar este valor da C.S.L.L. à pagar.
Exemplo: Utilizando os mesmos dados do exemplo anterior, temos que na emissão da NF de R$ 5.000,00, foi descontado 4,65% dos impostos federais, onde 1% corresposnte à C.S.L.L.
Sendo assim, já foi descontado R$ 50,00 a título da C.S.L.L., onde, dos R$ 144,00 que a empresa deviria pagar, ela vai pagar somente R$ 94,00.