Patrimônio afetado

Boa tarde!!

Peço a ajuda de vocês para esclarecer algumas dúvidas sobre o patrimônio de afetação e o recolhimento RET.

Tenho uma construtora que vai iniciar uma obra MCMV em um patrimônio afetado, por conta disso, tivemos que abrir um novo CNPJ (como filial, mais na verdade não é).

- Gostaria de saber para que vou usar esse CNPJ se nos artigos que li, todos os materiais usados na obra devem ser comprados pelo CNPJ "matriz"?

- E os funcionários que vou contratar para executarem essa obra, em qual CNPJ devo registra-los?

- O ISS dos serviços tomados, devo contratar pelo CNPJ matriz? Ou devo ter uma inscrição municipal própria para a obra, já que a contabilidade deve ser separada?

- Devo cadastrar esse CNPJ como uma empresa filial no meu sistema e fazer todos os lançamento de receita lá? O imposto será recolhido pela matriz ou pela filia?

Boa tarde Daiane.

Também estou com estas mesmas dúvidas, caso você já tenha obtido, poderia me dizer?
Obrigada.