Impostos sobre serviços médicos via empresa terceirizada

Bom pessoal espero que vocês me entendam.

Sou médico e tenho uma proposta de uma empresa de mineração (EMPREGADOR) para trabalhar como médico dentro das instalações dessa empresa. Porém eles só contratam se o médico tiver um cnpj e como receber por ele.

Procurei e achei uma outra empresa (CONSULTORIA) que presta consultoria contábil para médicos na minha situação.
A consultoria recebe o meu salário bruto do empregador, retira 15,33% + 104,00 (referente ao ISS, estou em Belém-Pa) de impostos, sendo compostos por:
IRPJ 4,8%
Cofins 3%
Csll 2,88%
Pis 0,65%
Taxa de administração 4%

E eu recebo o que sobrar via nota fiscal/repasse médico. Como funciona essa questão de emissão de nota fiscal?

A minha outra dúvida é se depois que eu receber o que sobrar na minha conta corrente pessoa física, eu vou ter que pagar imposto de renda pessoa física sobre o valor que sobrar. Tipo como eu vou explicar a receita federal o dinheiro que ganho? A consultoria fala que não, eu não vou ter que pagar mais nada. Está tudo certinho pessoal ou serei enganado de alguma forma?

Ou é mais viável eu abrir uma empresa em meu nome para receber o salário? Que tipo de empresa e sistema de tributação seria melhor ter no meu caso?

São muitas dúvidas mas agradeço a quem puder ajudar.

Prezado Doutor;

A consultoria, provavelmente, abriu sua empresa e esta operando a mesma com suas senhas e procuração, ou seja de fato existe a sua empresa já e funcionando, releia o contrato com a consultoria, pois la isto estará discriminado. O que ocorre e que eles cobram os honorários em forma de percentual provavelmente, o Sr. tem que verificar se esse percentual não esta sendo, alto em função dos serviços prestados, esse tipo de serviço e muito usado para profissionais liberais que não são abtos a atividades administrativas, e preferem não apreender, pois nossa empresa possui vários profissionais médicos e clinicas também, e nosso procedimento e totalmente transparente, como deve ser os dos colegas que o Sr. Contratou, portanto o primeiro passo e ler o Contrato com eles, e verificar se o que esta sendo cobrado seu e compatível com as tarefas que eles executam para o Sr. , caso seu faturamento seja alto, e o valor pago esta fora da realidade local, procure outro sistema caso eles tenham de mensalidades , e aprenda a operar sua empresa, não e bicho de sete cabeças, e so a emissão das NF. principalmente, pois pode ser que emita somente uma NF, agora a contabilidaede em si terá que ter um profissional qualificado para fazer, pois existem muitas nuances que um leigo não saberia interpretar , alem de varias obrigações fiscais que são acompanhadas diuturnamente pelos profissionais, para estarem devidamente qualificados para um bom atendimento,, enfim, converse com outro profissional a respeito, veja preços etc. referencias. Pois se seu negocio for crescendo, e o percentual vai junto derepende e melhor mudar a sua sitematica de administração. Quanto ao aspecto tributaria eles lhe orientaram aparentemente correto pois os impostos , estariam sendo recolhidos pela empresa logo sua distribuição de lucros que a empresa (sua) fara sera na coluna de isentos, de sua declaraçao. Veja o Ajuda da DIRPF .2016. Qaulquer duvida persistente, nos do site apesar de ter bastante material de pesquisa, estamos a disposição do DR.

Sds. Ribeiro