Informar na DCTF tributo pago atrasado

Um cliente meu tinha um tributo referente a 09/2015, e ele foi pago agora no dia 25/04/2016, e fui tirar a cnd e verifiquei que ainda não foi dado baixa pela receita federal, imagino eu que esse tributo pago em atraso deve ser informado na dctf, como que eu faço para declará-lo e a empresa volte a conseguir tirar sua CND normalmente?

Deverá retificar a declaração da competência 09/2015, certamente a declaração original foi informado o débito sem vincular o crédito correspondente.

Na declaração retificadora vai sobrepor totalmente a declaração original, desta forma na retificadora deverá prestar informação de todos os dados que possuir na originar e ACRESCENTAR os dados necessários para sua regularização.