Bom dia Vanessa,
Sim segundo a Lei n° 11.598 é possivel dar baixar mesmo com debitos, unica coisa que vai aconteser é a transferencia da divida para o CPF dos titulares.
"Art. 7o-A. O registro dos atos constitutivos, de suas alterações e extinções (baixas), referentes a empresários e pessoas jurídicas em qualquer órgão dos 3 (três) âmbitos de governo, ocorrerá independentemente da regularidade de obrigações tributárias, previdenciárias ou trabalhistas, principais ou acessórias, do empresário, da sociedade, dos sócios, dos administradores ou de empresas de que participem, sem prejuízo das responsabilidades do empresário, dos titulares, dos sócios ou dos administradores por tais obrigações, apuradas antes ou após o ato de extinção. (Incluído pela Lei Complementar nº 147, de 2014)
§ 1o A baixa referida no caput deste artigo não impede que, posteriormente, sejam lançados ou cobrados impostos, contribuições e respectivas penalidades, decorrentes da simples falta de recolhimento ou da prática comprovada e apurada em processo administrativo ou judicial de outras irregularidades praticadas pelos empresários ou por seus titulares, sócios ou administradores. (Incluído pela Lei Complementar nº 147, de 2014)
§ 2o A solicitação de baixa na hipótese prevista no caput deste artigo importa responsabilidade solidária dos titulares, dos sócios e dos administradores do período de ocorrência dos respectivos fatos geradores. (Incluído pela Lei Complementar nº 147, de 2014)"
Fonte: http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/_Ato2007-2010/2007/Lei/L11598.htm