Pendência na Declaração de Imposto de Renda da Pessoa Física

Um amigo fez a declaração e, após o processamento, a Receita gerou relatório com a seguinte pendência: "o total de deduções, calculado pelos sistemas da Receita Federal, é superior ao somatório dos rendimentos declarados e da evolução patrimonial."
Após análise, verifiquei que o valor a qual Receita acusa como, possível, inconsistência é de R$ 4.550,16. Esse valor encontra-se lançado na página de dependentes, 2 no total. Assim sendo, não detectei erro. Alguém já viu algo parecido e pode assessorar-me na resposta, do que pode ser, a esse amigo.

Prezado Eli,

Talvez os dependentes informados na declaração já tenham saído da condição de dependente, ou tenha sido informado em outra declaração como dependente também, recomendo fazer uma análise mais detalha no campo dependente.

Como ficou a evolução patrimonial deste contribuinte?
Base de cálculo do imposto (-) Total do imposto pago (+) Bens em 2014 (-) Bens em 2015 (+) Rendimentos Isentos (+) Rendimentos tributação exclusiva = não pode ser negativa.

Prezados, gostaria de agradecer a atenção, bem como compartilhar o desenrolar da situação.
Em busca de informações e solução da situação, pedi a esse amigo que me enviasse toda a sua documentação,no que se referia a IRPF, inclusive as últimas declarações. Observei que a declaração exercício 2016, ORIGINAL, havia sido transmitida em 03/03/2016 e havia sido transmitida uma RETIFICADORA Nº 1, em 13/03/2016, para troca de banco e conta. Tentei encaminhar uma retificadora nº 2, sem os dependentes, para ver se surgeria nova pendência e me deparei com uma mensagem de erro no número do recibo. Como estava de posse da declaração exercício 2015 e as duas, original e retificadora, exercício 2016, não entendi o motivo do erro. Consatatei, então, que ele já possuía um código de acesso ao portal e-cac, mas o mesmo não encontrava-se em sua posse. Pedi que ele fosse à RFB onde verificou que havia sido enviada outra declaração em seu nome, no dia 28/04/16, com os rendimentos totalmente zerados e dois dependentes declarados, sem seu consentimento.
De posse do recibo dessa declaração, conseguimos a retificação da declaração, outrora enviada com os rendimentos zerados.
O que ainda deixou-me um tanto confuso é que, conforme mencionado acima, a declaração transmitida em 03/03/16 consta como declaração ORIGINAL; a transmitida em 13/03/16, declaração RETIFICADORA Nº 1; a transmitida em 28/04/16 ORIGINAL (OUTRA ORIGINAL?) e a transmitida em 06/06/16, RETIFICADORA Nº 2.
Agradeço pelo auxílio e atenção.